Counterfactual Modeling of Directional Cell Cell Influence in Spatial Transcriptomics
该论文提出了一种基于反事实干预的框架,通过构建邻域条件预测模型并量化替换特定发送细胞类型邻居后接收细胞状态的位移,实现了无需预设配体 - 受体对即可从空间转录组数据中推断具有方向性的细胞间影响,并在人胆管癌组织中验证了其统计稳健性与生物学可重复性。
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细胞生物学探索着生命最基础的单元,研究细胞如何构建、运作以及彼此互动。从微观的分子机器到复杂的信号网络,这一领域揭示了维持生命运转的精密机制,帮助我们理解生长、疾病以及康复背后的深层原理。
在 Gist.Science,我们致力于让来自 bioRxiv 的最新细胞生物学预印本变得触手可及。我们追踪该领域每一篇新发布的预印本,不仅提供详尽的技术摘要,还专门撰写通俗易懂的通俗解读,确保无论是专业研究者还是科学爱好者都能轻松掌握核心发现。
以下是该领域最新发布的论文精选,展示了细胞科学前沿的突破性进展。
该论文提出了一种基于反事实干预的框架,通过构建邻域条件预测模型并量化替换特定发送细胞类型邻居后接收细胞状态的位移,实现了无需预设配体 - 受体对即可从空间转录组数据中推断具有方向性的细胞间影响,并在人胆管癌组织中验证了其统计稳健性与生物学可重复性。
该研究首次揭示,在雄性小鼠中,成骨细胞分化过程中 BNIP3 介导的线粒体自噬通过缓解线粒体应激信号来维持正常的骨量,其缺失会导致线粒体功能障碍、成骨细胞数量减少及骨量降低。
该研究发现微管蛋白不仅参与细胞骨架构建,还通过影响线粒体应激和翻译抑制等机制,在细胞应激反应、质量控制及蛋白质稳态中发挥关键作用。
该研究利用小鼠遗传标记、组织透明化及三维成像技术证实,骨骼中的淋巴血管仅局限于骨膜和关节周围软组织内,而骨髓中完全不存在淋巴血管。
该研究利用混合基于代理的计算模型揭示,免疫细胞通过自吸引物(autoattractants)建立的通信机制能在增强迁移协调性的同时因过度聚集而限制迁移,且系统往往运行在最优迁移与细胞聚集临界点附近的微妙平衡状态。
该研究发现,红光照射通过下调衰老小鼠角质细胞中的 SIRT4 蛋白水平,解除其对脂肪酸代谢的抑制并激活 SIRT1-PPAR 信号轴,从而增加乙酰辅酶 A 积累和组蛋白 H3K9 乙酰化水平,重塑衰老相关基因表达,最终协同代谢、炎症与基因调控有效缓解细胞衰老。
该研究通过整合单细胞转录组分析与高通量功能筛选,系统揭示了果蝇边界细胞中多种 RhoGAP 蛋白对 Rho 家族 GTP 酶活性的时空精细调控对于维持正常细胞形态和迁移运动至关重要。
该研究表明,Pex30 蛋白的网状蛋白同源结构域(RHD)通过在 ER 亚结构域产生局部膜曲率,从而驱动脂滴的生物发生。
该研究利用冷冻电子断层扫描技术,在人类成纤维细胞前缘原位揭示了粘着斑内蛋白簇、肌动蛋白、波形蛋白和微管之间复杂的空间组织与动态互作,阐明了粘着斑成熟及细胞骨架整合的结构基础与力学机制。
该研究利用 HJSeq 技术首次绘制了减数分裂中 Holliday 连接体的全基因组分布,揭示其在粗线期通过转录偶联的定向分支迁移,从双链断裂位点向收敛转录位点重塑,从而支持受调控的交叉形成和染色体正确分离。